Un arrêt maladie non professionnel ne peut pas être exclu du calcul de l'indemnité de congés payés : la période compte à 80 % de la rémunération correspondante, rétroactivement depuis 2009. La Cour de cassation (14 octobre 2026, n° 25-17.945) juge aussi qu'écarter la part variable pendant dix ans malgré les alertes des élus est une exécution déloyale.
Vous avez été en arrêt maladie plusieurs semaines l'an dernier. Au moment de partir en congés, vous constatez que votre indemnité de congés payés est plus faible que d'habitude : le service paie a retiré les mois d'arrêt du calcul, comme si vous n'aviez rien gagné pendant cette période. Beaucoup de salariés, et surtout ceux dont une partie du salaire est variable, se retrouvent dans cette situation sans savoir si elle est régulière.
Dans un arrêt du 14 octobre 2026 (Cass. soc., 14 octobre 2026, n° 25-17.945, publié au Bulletin), la Cour de cassation applique pour la première fois la règle issue de la loi du 22 avril 2024 : les périodes d'arrêt pour maladie ou accident non professionnel entrent dans le calcul de l'indemnité de congés payés, à hauteur de 80 % de la rémunération correspondante. Elle juge aussi qu'un employeur qui persiste pendant des années à écarter la part variable du salaire de ce calcul, malgré les alertes des représentants du personnel, exécute le contrat de travail de manière déloyale.
📌 Point clé : un arrêt maladie non professionnel ne peut pas être exclu du calcul de l'indemnité de congés payés. La période est comptée comme si le salarié avait travaillé selon l'horaire de l'établissement, dans la limite de 80 % de la rémunération correspondante. Cette règle s'applique de manière rétroactive aux congés acquis depuis le 1er décembre 2009, sauf décision de justice définitive ou accord collectif plus favorable.
⚖️ La règle applicable : le dixième, le maintien de salaire et la loi du 22 avril 2024
L'indemnité de congés payés se calcule de deux façons, et le salarié a droit à la plus favorable. L'article L. 3141-24 du Code du travail prévoit d'abord la règle du dixième : l'indemnité est égale au dixième de la rémunération brute totale perçue pendant la période de référence. Son II ajoute une garantie : l'indemnité ne peut pas être inférieure à la rémunération que le salarié aurait perçue s'il avait continué à travailler pendant son congé. Nous avons détaillé cette comparaison dans notre article sur la règle du dixième et le maintien de salaire.
La difficulté vient de la « rémunération brute totale » qui sert de base au dixième. Pendant un arrêt maladie, le salarié ne perçoit pas son salaire habituel. Longtemps, les employeurs ont donc exclu ces mois de l'assiette. La loi n° 2024-364 du 22 avril 2024, qui a tiré les conséquences du droit de l'Union européenne après les arrêts de la Cour de cassation du 13 septembre 2023, a modifié deux textes :
- l'article L. 3141-5, 7°, assimile désormais à du travail effectif, pour la durée du congé, les périodes de suspension du contrat liées à un accident ou une maladie non professionnelle ;
- l'article L. 3141-24, I, 4°, précise que ces périodes sont, pour le calcul du dixième, « considérées comme ayant donné lieu à rémunération en fonction de l'horaire de travail de l'établissement, dans la limite d'une prise en compte à 80 % de la rémunération associée à ces périodes ».
L'article 37, II, de la même loi donne un effet rétroactif à ces dispositions : elles s'appliquent aux congés acquis depuis le 1er décembre 2009, sous réserve des décisions de justice passées en force de chose jugée et des stipulations conventionnelles plus favorables en vigueur à la date d'acquisition des droits. Pour l'acquisition des jours eux-mêmes, voyez notre article sur les congés acquis pendant un arrêt maladie.
📄 Les faits
Une attachée commerciale, embauchée en décembre 2006, saisit le conseil de prud'hommes en juin 2020. Elle réclame notamment un solde d'indemnité de congés payés pour la période de juin 2016 à mai 2019, période pendant laquelle elle avait été en partie en arrêt pour maladie non professionnelle. Le montant restant en litige est modeste, 329,43 euros, mais la question de principe est importante.
Elle demande aussi des dommages-intérêts pour exécution déloyale du contrat de travail. Son employeur avait refusé pendant plus de dix ans d'intégrer la rémunération variable dans l'assiette de l'indemnité de congés payés. Les représentants du personnel, à l'époque les membres du comité d'entreprise, l'avaient interpellé à deux reprises en 2008. L'employeur avait répondu en justifiant sa pratique par une analyse juridique qui s'est révélée erronée, et n'avait régularisé la situation qu'une dizaine d'années plus tard, après un audit.
La cour d'appel de Lyon, le 18 avril 2025, rejette les deux demandes. Sur le solde d'indemnité, elle considère que les absences pour maladie non professionnelle sont exclues du calcul. Sur l'exécution déloyale, elle reproche en substance aux instances représentatives du personnel de ne pas s'être emparées plus activement de la question pendant dix ans.
✅ Ce que juge la Cour de cassation
La Cour de cassation casse l'arrêt sur ces deux points et renvoie l'affaire devant la cour d'appel de Lyon autrement composée.
Sur l'indemnité de congés payés, elle soulève elle-même le moyen, après avoir invité les parties à s'en expliquer. Elle rappelle d'abord le droit de l'Union : le droit au congé annuel payé est un principe essentiel du droit social de l'Union, et la directive 2003/88 ne distingue pas entre les travailleurs absents pour maladie et ceux qui ont effectivement travaillé pendant la période de référence. La Cour de justice de l'Union européenne a aussi jugé que la baisse de rémunération consécutive à une incapacité de travail ne doit pas être répercutée sur la rémunération du congé annuel.
Elle revient ensuite au droit français, en citant l'article L. 3141-5, 7°, l'article L. 3141-24, I, 4°, et l'article 37, II, de la loi du 22 avril 2024. Elle en tire la règle suivante : pour la rémunération à prendre en compte dans le calcul de l'indemnité de congé payé, « il est tenu compte des périodes pendant lesquelles l'exécution du contrat de travail est suspendue pour cause d'arrêt de travail lié à un accident ou une maladie n'ayant pas un caractère professionnel », ces périodes étant considérées comme ayant donné lieu à rémunération selon l'horaire de l'établissement, « dans la limite d'une prise en compte à 80 % de la rémunération associée à ces périodes ». La cour d'appel ne pouvait donc pas écarter purement et simplement les mois d'arrêt.
Sur l'exécution déloyale, la Cour de cassation juge que l'inaction supposée des représentants du personnel n'exonère pas l'employeur. Dès lors que celui-ci avait été interpellé par deux fois, qu'il avait maintenu sa pratique sur la base d'une analyse juridiquement erronée et qu'il n'avait régularisé que dix ans plus tard, la cour d'appel devait en déduire une carence persistante dans la recherche de l'irrégularité dénoncée et dans la mise en œuvre des moyens pour y remédier. Cette carence caractérise un manquement à l'obligation d'exécuter le contrat de travail de bonne foi, posée par l'article L. 1222-1 du Code du travail.
| Question | Cour d'appel | Cour de cassation |
|---|---|---|
| Mois d'arrêt maladie dans l'assiette du dixième | Exclus | Inclus, à 80 % de la rémunération correspondante |
| Part variable écartée pendant dix ans malgré les alertes | Pas de faute, les élus auraient dû insister | Exécution déloyale du contrat |
🚦 Les distinctions à connaître
La règle des 80 % ne vise que les arrêts liés à un accident ou une maladie d'origine non professionnelle. Les arrêts consécutifs à un accident du travail ou à une maladie professionnelle relèvent du 5° de l'article L. 3141-5. Ces périodes entrent dans l'assiette du dixième sans cet abattement, comme les autres périodes assimilées visées aux 1° à 6° du texte (art. L. 3141-24, I, 3°).
Il faut aussi distinguer la durée du congé et son indemnisation. Pendant un arrêt pour maladie non professionnelle, le salarié acquiert deux jours ouvrables par mois, dans la limite de 24 jours par période de référence. L'arrêt du 14 octobre 2026 ne porte pas sur ce point : il concerne uniquement la rémunération des jours acquis.
Enfin, la règle des 80 % n'intervient que dans le calcul du dixième. Si le maintien de salaire est plus favorable, c'est lui qui s'applique. Dans l'affaire jugée, la salariée percevait une rémunération variable importante, ce qui explique l'enjeu du dixième.
🧭 Ce que peut faire le salarié
- Vérifier, sur les bulletins de paie des mois de congé, la base retenue pour l'indemnité : la rémunération brute de la période de référence doit inclure la part variable (commissions, primes liées à l'activité) et les mois d'arrêt maladie non professionnel à hauteur de 80 %.
- Demander par écrit à l'employeur le détail du calcul, ligne par ligne, et la comparaison entre le dixième et le maintien de salaire.
- Agir dans le délai de trois ans applicable aux rappels de salaire, en tenant compte de la rétroactivité au 1er décembre 2009 prévue par la loi de 2024, dont la portée pratique dépend de la prescription et des décisions déjà rendues.
- Garder la trace des alertes adressées à l'employeur ou relayées par les élus : elles pèsent dans l'appréciation de la bonne foi.
👥 Ce que doivent retenir les élus du CSE
Cet arrêt parle directement aux représentants du personnel. La cour d'appel avait tenté de faire porter sur les élus la responsabilité de l'irrégularité, au motif qu'ils ne s'en étaient saisis que deux fois. La Cour de cassation refuse ce raisonnement : une alerte des élus, même ancienne, suffit à démontrer que l'employeur connaissait le problème. C'est lui qui doit rechercher l'irrégularité et y remédier.
- Les réclamations individuelles et collectives sur la paie relèvent des attributions du CSE, quel que soit l'effectif. Une question posée en réunion sur le calcul de l'indemnité de congés payés doit figurer au procès-verbal : dix-huit ans plus tard, ce sont des interpellations de 2008 qui ont pesé.
- Demandez à l'employeur de préciser, par écrit, si la part variable et les périodes d'arrêt maladie non professionnel sont intégrées dans l'assiette du dixième depuis la loi du 22 avril 2024, et à quelle date la paie a été mise à jour.
- Vérifiez si un accord d'entreprise ou la convention collective prévoit une règle plus favorable que les 80 % : elle prime.
- Dans le cadre de la consultation sur la politique sociale, le CSE peut demander un état des régularisations déjà opérées pour les salariés ayant été en arrêt depuis 2009.
💡 Le réflexe utile en réunion : faites inscrire à l'ordre du jour une question écrite sur l'assiette de l'indemnité de congés payés (part variable, mois d'arrêt maladie non professionnel à 80 %) et demandez une réponse écrite de la direction, consignée au procès-verbal. Si la réponse est négative ou imprécise, renouvelez la demande par courrier : l'arrêt du 14 octobre 2026 montre que ces traces écrites fondent, des années plus tard, une action pour exécution déloyale.
📌 Ce qu'il faut retenir
- Arrêt maladie non professionnel : il ne peut pas être exclu du calcul de l'indemnité de congés payés.
- 80 % : la période est comptée comme ayant donné lieu à rémunération selon l'horaire de l'établissement, dans la limite de 80 % de la rémunération correspondante (art. L. 3141-24, I, 4°).
- Rétroactivité : la règle vaut pour les congés acquis depuis le 1er décembre 2009, sauf décision définitive ou accord plus favorable (loi n° 2024-364, art. 37, II).
- Part variable : commissions et primes liées à l'activité entrent dans la rémunération brute totale servant au dixième.
- Exécution déloyale : persister pendant des années dans un calcul erroné, après avoir été alerté par les représentants du personnel, viole l'obligation de bonne foi de l'article L. 1222-1.
- Les élus : leurs interpellations, consignées au procès-verbal, constituent une preuve durable de la connaissance du problème par l'employeur.
📚 Sources
- Cass. soc., 14 octobre 2026, n° 25-17.945, publié au Bulletin — décision sur le site de la Cour de cassation
- Article L. 3141-24 du Code du travail — calcul de l'indemnité de congés payés, règle des 80 %
- Article L. 3141-5 du Code du travail — périodes assimilées à du travail effectif
- Article L. 3141-3 du Code du travail — durée du congé
- Article L. 1222-1 du Code du travail — exécution de bonne foi du contrat de travail
- Force Ouvrière, secteur juridique, « Indemnité de congés payés : de nouvelles précisions ! », 12 novembre 2026 — commentaire de l'arrêt
- Lefebvre Dalloz, « Semaine de jurisprudence sociale » — résumé de l'arrêt du 14 octobre 2026
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