Heures supplémentaires : les congés payés comptent-ils sur un cycle de deux semaines ?

Prenons le cas fréquent d'un salarié dont l'horaire de travail est organisé sur deux semaines, dans le cadre d'un accord d'aménagement du temps de travail. Il pose des congés payés pendant l'une de ces deux semaines. Sur son bulletin de paie, ses heures supplémentaires disparaissent presque entièrement, car l'employeur ne compte que les heures réellement travaillées pour vérifier s'il a dépassé le seuil ouvrant droit à majoration.

Par un arrêt du 7 janvier 2026 (Cass. soc., 7 janvier 2026, n° 24-19.410, publié au bulletin), la Cour de cassation tranche cette question en faveur du salarié : les jours de congés payés pris pendant une période de référence de deux semaines doivent être assimilés à du temps de travail effectif pour apprécier le franchissement du seuil de déclenchement des heures supplémentaires. Cette décision étend au cycle de deux semaines une solution posée quelques mois plus tôt pour la semaine civile par un arrêt du 10 septembre 2025 (Cass. soc., 10 septembre 2025, n° 23-14.455).

📌 Point clé : lorsqu'un salarié travaille selon un horaire organisé sur deux semaines, les jours de congés payés pris durant cette période comptent comme du temps de travail effectif pour calculer s'il a dépassé le seuil de déclenchement des heures supplémentaires. L'employeur ne peut pas neutraliser ces jours dans son calcul.

⚖️ Le cadre juridique de l'heure supplémentaire

En principe, toute heure accomplie au-delà de la durée légale hebdomadaire de 35 heures est une heure supplémentaire, qui ouvre droit à une majoration salariale ou à un repos compensateur équivalent (article L. 3121-28 du code du travail). Cette règle raisonne, par défaut, semaine civile par semaine civile.

Un accord d'entreprise, d'établissement ou de branche peut organiser autrement le temps de travail, sur une période supérieure à la semaine et jusqu'à un an, voire trois ans pour un accord de branche (article L. 3121-44 du code du travail). Dans ce cas, le seuil de déclenchement des heures supplémentaires se calcule sur la période fixée par l'accord, deux semaines par exemple, et non semaine par semaine. Restait à savoir comment traiter les congés payés pris pendant cette période de référence : faut-il les neutraliser, au risque de masquer un dépassement réel, ou les compter comme du temps travaillé ?

📄 Les faits à l'origine de la décision

Un salarié dont le temps de travail était organisé sur un cycle de deux semaines avait pris des jours de congés payés pendant l'une des deux semaines composant ce cycle. Il réclamait le paiement de majorations pour heures supplémentaires, estimant que sans cette absence légale, il aurait dépassé le seuil fixé par l'accord collectif applicable à son entreprise.

L'employeur s'y opposait : seules les heures de travail effectif devaient, selon lui, entrer dans le calcul du seuil. Les congés payés, absence légalement organisée, ne seraient pas assimilables à du temps travaillé pour apprécier un dépassement qui suppose, par définition, une prestation réelle. La cour d'appel avait suivi ce raisonnement et rejeté la demande du salarié.

✅ Ce que juge la Cour de cassation

La Cour de cassation casse cette décision. Elle retient que le salarié ne doit pas être dissuadé de poser des congés payés par la perspective de perdre le bénéfice de majorations qu'il aurait perçues s'il avait travaillé les jours concernés. Concrètement, pour apprécier si le seuil de déclenchement des heures supplémentaires a été franchi sur la période de deux semaines, les jours de congés payés sont comptés comme s'ils avaient été travaillés, sur la base de l'horaire moyen applicable.

La portée de cet arrêt reste toutefois circonscrite aux congés payés. Il ne dit rien, à ce stade, d'autres absences comme la maladie ou les congés pour événements familiaux dans ce même cadre de deux semaines, ces questions relevant de raisonnements distincts déjà tranchés par ailleurs pour d'autres périodes de référence.

🚦 Distinctions à connaître selon la période de référence

Cette dernière ligne mérite d'être suivie de près : la logique retenue par la Cour de cassation pourrait, à terme, s'étendre aux dispositifs d'annualisation. Mais aucune décision publiée ne l'a encore affirmé pour une période d'un an. Prudence, donc, avant d'en tirer une généralisation.

🧭 Ce que peut faire le salarié concerné

Un salarié dont l'horaire est organisé sur plusieurs semaines et qui a pris des congés payés pendant cette période peut vérifier son bulletin de paie et le mode de calcul retenu par le logiciel de paie de son entreprise. S'il constate que ses jours de congés ont été exclus du décompte, il peut demander un recalcul à l'employeur, puis saisir le conseil de prud'hommes en cas de refus, sachant que l'action en paiement de salaire se prescrit par trois ans (article L. 3245-1 du code du travail).

Pour les entreprises, cette décision impose de vérifier la façon dont leur logiciel de paie ou leur SIRH traite les congés payés dans le calcul des heures supplémentaires, dès lors que le temps de travail est organisé sur une période supérieure à la semaine. Un ajustement rétroactif du paramétrage peut s'avérer nécessaire, avec un risque de rappels de salaire sur plusieurs années.

👥 Ce que doivent retenir les élus du CSE

L'aménagement du temps de travail relève de la consultation récurrente sur la politique sociale, les conditions de travail et l'emploi. Les élus qui siègent dans une entreprise où l'horaire est organisé sur des cycles ou des périodes pluri-hebdomadaires ont donc intérêt à interroger la direction sur la conformité du paramétrage de paie à cette jurisprudence. Comme le rappelle un arrêt récent sur la preuve des heures supplémentaires, ce contentieux reste l'un des plus fréquents devant les conseils de prud'hommes, et les élus sont souvent les premiers sollicités par des salariés qui doutent de leur bulletin de paie.

Le CSE peut aussi relayer l'information auprès des salariés concernés, sans se substituer à un conseil individualisé, et orienter ceux qui pensent avoir subi un manque à gagner vers une vérification de leurs bulletins de paie sur les trois dernières années.

💡 Le réflexe utile en réunion : demandez à la direction si le logiciel de paie intègre bien les congés payés dans le décompte des heures supplémentaires pour les salariés dont l'horaire est organisé sur plusieurs semaines, et faites consigner la réponse au procès-verbal.

📌 Ce qu'il faut retenir

• Depuis le 7 janvier 2026, les congés payés pris pendant un cycle de deux semaines comptent comme du temps travaillé pour calculer le seuil de déclenchement des heures supplémentaires.
• Cette solution étend celle déjà posée en septembre 2025 pour la semaine civile.
• Elle ne concerne, à ce jour, que les congés payés, pas les autres absences, et n'a pas été tranchée pour l'annualisation sur un an.
• Les entreprises doivent vérifier le paramétrage de leur logiciel de paie sous peine de rappels de salaire rétroactifs.
• Les salariés disposent de trois ans pour réclamer un rappel de salaire.
• Les élus du CSE ont un rôle d'alerte dans les entreprises qui organisent le temps de travail sur des périodes pluri-hebdomadaires.

📚 Sources

• Cour de cassation, chambre sociale, 7 janvier 2026, n° 24-19.410, publié au bulletin (Légifrance)
• Fiche de la décision sur le site de la Cour de cassation
• Service-public.fr, présentation officielle de la décision
• Article L. 3121-28 du code du travail (Code du travail numérique)
• Article L. 3121-44 du code du travail (Code du travail numérique)

Le décompte des heures supplémentaires reste l'un des contentieux les plus fréquents en droit du travail, en particulier dans les entreprises qui organisent le temps de travail sur des périodes complexes. Les élus qui veulent approfondir leurs compétences sur ces sujets techniques peuvent s'appuyer sur nos formations CSE, et retrouver les définitions clés dans notre lexique du droit du travail.