Comment calculer les heures supplémentaires d'un salarié absent pour maladie pendant une période de forte activité, dans une entreprise où le temps de travail est annualisé ? Par un arrêt du 3 juin 2026 (n° 24-19.545, publié au bulletin), la Cour de cassation impose de réduire le seuil de 1 607 heures à proportion de la durée de l'absence.
Dans une entreprise dont le temps de travail est aménagé sur l'année, comment calculer les heures supplémentaires d'un salarié qui a été absent pour maladie pendant une période de forte activité ? Faut-il l'exclure purement et simplement du calcul, au risque de le pénaliser, ou au contraire compter son absence comme du temps travaillé ? Par un arrêt du 3 juin 2026 (Cass. soc., 3 juin 2026, n° 24-19.545, publié au bulletin), la Cour de cassation fixe la méthode à appliquer.
Cette décision intéresse tous les salariés soumis à un dispositif d'annualisation du temps de travail, ainsi que les élus du CSE consultés sur l'organisation du temps de travail et sur les modalités de décompte des heures supplémentaires.
📌 Point clé : lorsqu'un salarié annualisé est absent pour maladie pendant une période de haute activité, le seuil de déclenchement des heures supplémentaires (en principe 1 607 heures par an) doit être réduit à proportion de la durée de son absence, évaluée selon la durée hebdomadaire moyenne applicable sur la période. Seules les heures effectuées au-delà de ce seuil individualisé constituent des heures supplémentaires.
📄 Les faits à l'origine de l'arrêt
Une salariée, agent de sécurité, avait saisi le conseil de prud'hommes en 2018 à propos de l'exécution de son contrat de travail, avant d'être licenciée en février 2019. Son contrat de travail organisait son temps de travail sur une base annualisée. La cour d'appel de Nîmes avait condamné l'employeur à lui payer un rappel d'heures supplémentaires et de congés payés afférents, calculé selon une méthode contestée par l'employeur.
Le litige portait précisément sur la façon de tenir compte, dans le décompte annuel des heures supplémentaires, d'une période d'absence pour maladie survenue pendant une phase de forte activité de l'entreprise.
⚖️ Ce que prévoit le Code du travail
L'article L. 3121-41 du Code du travail pose le principe du décompte des heures supplémentaires à l'issue de la période de référence, lorsque le temps de travail est aménagé sur une période supérieure à la semaine. Lorsque cette période de référence est annuelle, le texte précise que constituent des heures supplémentaires les heures effectuées au-delà de 1 607 heures, sauf dispositions conventionnelles plus favorables fixant un seuil différent.
Le Code du travail ne précise toutefois pas, en tant que tel, comment traiter les périodes d'absence pour maladie dans ce calcul annuel : c'est tout l'apport de l'arrêt du 3 juin 2026.
🧮 La méthode de calcul fixée par la Cour de cassation
La Cour de cassation précise que le seuil de déclenchement des heures supplémentaires ne peut pas rester figé à 1 607 heures lorsque le salarié a été absent pour maladie durant une période de haute activité : il doit être réduit à due proportion. La méthode se déroule en trois temps.
| Étape | Opération à réaliser |
|---|---|
| 1. Évaluer l'absence | Mesurer la durée de l'absence pour maladie survenue pendant la période de forte activité, convertie en heures selon la durée hebdomadaire moyenne applicable |
| 2. Réduire le seuil | Soustraire cette durée du seuil annuel de référence (1 607 heures, ou le seuil conventionnel s'il est plus favorable), pour obtenir un seuil individualisé |
| 3. Décompter | Ne comptabiliser comme heures supplémentaires que les heures réellement effectuées au-delà de ce nouveau seuil, ainsi ramené à la situation concrète du salarié |
À titre d'illustration, un salarié dont le seuil annuel de référence est de 1 607 heures et qui a été absent deux semaines pendant une période de haute activité, sur la base d'une durée hebdomadaire moyenne de 35 heures, verra son seuil individualisé ramené à 1 537 heures (1 607 − 70 heures d'absence). Seules les heures travaillées au-delà de ce seuil réduit seront alors qualifiées d'heures supplémentaires.
| Élément du calcul | Valeur dans l'exemple |
|---|---|
| Seuil annuel de référence | 1 607 heures |
| Absence maladie en période de haute activité | 2 semaines, soit 70 heures (base 35 heures hebdomadaires) |
| Seuil individualisé applicable | 1 537 heures |
| Heures supplémentaires | Uniquement les heures effectuées au-delà de 1 537 heures |
🧭 Quelles conséquences pour les salariés et les employeurs ?
- un salarié absent pour maladie pendant une période de forte activité ne doit plus être pénalisé dans le décompte de ses heures supplémentaires ;
- les employeurs appliquant une annualisation doivent adapter leurs outils de suivi du temps de travail pour intégrer ce mécanisme de réduction du seuil ;
- cette règle s'applique à défaut de dispositions conventionnelles plus favorables : un accord collectif peut prévoir une méthode différente, dès lors qu'elle n'est pas moins favorable au salarié ;
- les rappels d'heures supplémentaires déjà réglés selon une méthode ne tenant pas compte des absences maladie pourraient être recalculés à l'aune de cette solution.
👥 Ce que doivent retenir les élus du CSE
Le CSE est consulté sur la durée du travail et sur les modalités d'aménagement du temps de travail applicables dans l'entreprise :
- vérifier que la méthode de décompte des heures supplémentaires appliquée aux salariés annualisés intègre bien la réduction du seuil en cas d'absence maladie ;
- relayer cette règle auprès des salariés absents pendant une période de forte activité, qui ignorent souvent son existence ;
- examiner, le cas échéant, les stipulations de l'accord collectif d'annualisation en vigueur dans l'entreprise, qui peuvent fixer des modalités différentes, à condition d'être plus favorables.
💡 Le réflexe utile en réunion : demandez à la direction d'exposer, chiffres à l'appui, la méthode de décompte retenue pour les salariés annualisés ayant connu un arrêt maladie, et faites-la consigner dans le procès-verbal de la réunion. Une méthode écrite est bien plus facile à comparer, l'année suivante, avec les bulletins de paie réellement établis.
⏱️ Une règle qui évite la double peine
En imposant la réduction proportionnelle du seuil annuel de 1 607 heures en cas d'absence maladie pendant une période de haute activité, la Cour de cassation évite qu'un salarié malade soit doublement pénalisé : une première fois par la perte de salaire liée à son arrêt, une seconde fois par un calcul défavorable de ses heures supplémentaires. Une règle simple dans son principe, mais qui suppose un suivi rigoureux du temps de travail par l'entreprise.
📌 Ce qu'il faut retenir
- En cas d'annualisation, le seuil de 1 607 heures n'est pas intangible : il se réduit lorsque le salarié a été absent pour maladie pendant une période de haute activité.
- L'absence est convertie en heures selon la durée hebdomadaire moyenne applicable sur la période, puis soustraite du seuil annuel.
- Seules les heures effectuées au-delà de ce seuil individualisé constituent des heures supplémentaires.
- La règle s'applique à défaut de dispositions conventionnelles plus favorables : un accord collectif peut retenir une autre méthode, si elle n'est pas moins favorable.
- Les employeurs doivent adapter leurs outils de suivi du temps de travail, et d'anciens rappels d'heures pourraient être recalculés.
- Le CSE, consulté sur l'aménagement du temps de travail, a intérêt à vérifier la méthode de décompte réellement appliquée.
📚 Sources
- Cour de cassation, chambre sociale, 3 juin 2026, n° 24-19.545, publié au bulletin — Légifrance
- Code du travail, article L. 3121-41 — Légifrance
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